因此，到了1946年开春，检察处对于所有在押的甲级战犯们的历史、地位和罪行已经摸出了一个初步轮廓，对于他们之间错综复杂的政治关系也有了一个大体上的了解。他们此时所掌握的材料勉强够初步草拟起诉书之用。
但是在草拟起诉书之前，有一个先决问题，那便是：在这许多在押的甲级战犯之中，究竟有多少人、是哪些人应该首先作为被告起诉，提请法庭列为第一案去审理？显然，把全体在押战犯都包括在一个案件中去起诉受审是不适宜的。那时正在开庭的纽伦堡国际法庭，其受审的被告德国首要战犯也不过二十二人；而纽伦堡所审理的案情比东京法庭将审理的却简单得多，犯罪的年代也短一些。因此，国际检察处遂决定首批受审的人数应以纽伦堡受审的人数为标准，即使稍微有所增加，亦不应超过三十名。
另外一个先决问题，便是：在控诉被告们的犯罪行为时，其犯罪年代应从什么时候算起？到什么时候为止？对于犯罪行为应算到1945年日本投降时为止，检察人员是一致同意的。对于犯罪行为应从什么时候算起，他们之间却存在着很大的不同意见，发生过严重的争执。有些人说：远东国际法庭审理的是第二次世界大战中日本战犯们的罪行，而日本对外侵略之所以变为世界大战的一部分是由于日军偷袭珍珠港。进而引起它对一系列国家的战争，所以1941年12月7日日军偷袭珍珠港事件应该作为犯罪日期的起点。有的人说：日军之所以偷袭珍珠港以及随之而来的对一系列太平洋国家作战，都是为了要解决它对中国的战争，前者不过是后者的继续和延长，因此，1937年7月7日日军在卢沟桥发动的全面侵华战争应该被认为是犯罪日期的起点。又有人说：1937年卢沟桥事件不过是1931年9月18日日军侵占沈阳和开始吞并满洲(中国东北四省)的继续和延长，事实上中日战争自那时起便已开始，因此“九·一八事件”应该被认为是犯罪日期的起点。更有人说：1931年“九·一八事件”之所以发生，其导因是1928年4月日军在皇姑屯炸死张作霖事件，从那时起日本侵占全中国的企图便已暴露无遗，而中日实际敌对状态那时便已发生，是故正本清源，被告战犯们的犯罪日期应从1928年算起。最后的这个主张无疑地是比较正确的，合乎逻辑的。从中国人的观点来说，也还算差强人意的。当然，这个日期还可以推得更久远一点，但是推得太久远了，提证是有困难的。
国际检察处经过郑重考虑和辩论之后，便决定采取最后的这一主张，因而对日本战犯们提起控诉的犯罪行为是从1928年(皇姑屯炸案)起至1945年(日本投降)止，总共约十七年的光景。
在起诉对象的人数(约二十至三十人)和犯罪的时期(约十七年)两个问题决定之后，检察处面临的另一个更困难的问题便是：哪一些在押的甲级战犯应该首先被起诉？换言之，哪二三十名甲级战犯应该被挑选出来作为第一案的被告，使其首先在远东国际法庭受审？
这个问题在检察处内部是有过很激烈的争议的。诚然，对于某些罪大恶极、臭名远扬的元凶巨魁如东条英机之流，大家是毫无异议的。但是对于比较次要的人物，各人却有不同的意见。例如，苏联陪席检察官自始便坚决主张鲇川义介(贵族院议员，满洲重工业日产社社长)和中岛知久平(中岛飞机之创始人，历任商相、铁相、军需相)应该列名为第一批受审的被告。但是季楠检察长未予同意，因为鲇川和中岛都是日本的大企业家、大资本家，而袒护财阀和资本家，自始便是美国政府的既定政策。关于这一点，我们在评述乡古洁(三菱重工业社社长)被突然释放时便已经提到过。
经过长时间的讨论和争辩，季楠最后决定挑选下列二十八人作为第一批起诉的被告(其顺序是按照其姓氏的英文字母的先后顺序排列的)：
1.荒木贞夫(ARAKI，Sadao)
2.土肥原贤二(DOHIHARA，Kenji)
3.桥本欣五郎(HASHIMOTO，Kingoro)
4俊六(HATA，Shunroku)
5.平沼骐一郎(HIRANUMA，Kiichiro)
6.广田弘毅(HIROTAKoki)
7.星野直树(HOSHINO，Naoki)
8.板垣征四郎(ITAGAKI，Seishiro)
9.贺屋兴宣(KAYA，Okinori)
10.木户幸一(KIDO，Koichi)
11.木村兵太郎(KIMURA，Heitaro)
12.小矶国昭(KOISO，Kuniaki)
13.松井石根(MATSUI，Iwane)
14.松冈洋右(MATSVOKA，Yosuke)
15.南次郎(MANAMI，Jiro)
16.武藤章(MVTO，Akira)
17.永野修身(NAGANO，Osami)
18.冈敬纯(OKA，Takasumi)
19.大川周明(OKAWA，Shumei)
20.大岛浩(OSHIMA，Hiroshi)
21.佐藤贤了(SATO，Kenryo)
22.重光葵(SHIGEMITSV，Mamorw)
23.岛田繁太郎(SHMADA，Shigetaro)
24.白鸟敏夫(SHIRATORI，Toshio)
25.铃木贞一(SUZUKI，Teüchi)
26.东乡茂德(TOGO，Shigenori)
27.东条英机(TOJO，Hideki)
28.梅津美治郎(UMEZU，Yoshijiro)
